O3zone-Pen電解臭氧發生器不應在含有大量氯化物的水（海水、微咸水）中使用，因為會形成氯和次氯酸鹽等副產物。這些副產品也可以作為消毒劑，但需要更多時間才能降解。在死水中長時間電解會導致氯酸鹽的形成。然而，由于高電流密度會限制物質向活性電極表面的傳輸，因此飲用水中氯的產生可以忽略不計。
臭氧將溴化物氧化成溴酸鹽是事實。溴酸鹽具有致癌性。因此，這種化學反應是不希望的。飲用水條例包含對這些物質的限制。可以通過降低水的 pH 值來減少溴酸鹽的形成。
細胞中心的臭氧生成陽極涂有 PbO 2（每個陽極約 1 mg Pb）。該涂層在正常電解條件下化學穩定性可達數 1000 小時。
